Bebeklik döneminde en sık rastlanılan problemlerden biri de alerjidir. Vücudun aslında zararsız olan maddeleri yabancı ve zararlı olarak tespit ettiğinde bağışıklık sisteminin verdiği tepki sonucu alerji oluşmaktadır. Bağışıklık sisteminin görevi vücuda zararı olan maddeleri yok etmektir. Alerji, bağışıklık sisteminin vücuda giren herhangi bir maddeye normalden fazla bir tepki vermesinin sonucudur. Bebeklerin bağışıklık sisteminin hala gelişiyor olması ve vücudun alerjiye açık olması yaşamın ilk yıllarını alerjiye daha hassas kılmaktadır.
Egzama, besin alerjisi, astım ve alerjik rinit bebeklik döneminde en çok rastlanan alerji türleridir. Genetik yatkınlık bebeğin alerjisini belirlemektedir. Anne babasında alerji olan bebeklerin alerjisinin olma ihtimali daha yüksektir.
Bebeklerde alerji belirtilerini bilmek alerjen maddeyi bulmak ve bu durumun önüne geçmek için önemlidir. Belirtiler bebeğin alerjen maddeye maruz kalmasından hemen sonra görülebileceği gibi birkaç gün sonra da görülebilmektedir. Bebeğin alerjisini hafifletmek mümkündür. Doğru zamanda uzmana danışılmadığında bebeklerde alerjiler bebeğin sağlık sorunları yaşamasına sebep olabilirken hayati riske de sebep olabilmektedir.